一、兽药残留超标及滥用
瘦肉精是猪肉及其制品的主要不合格项目，且已经从克伦特罗转向莱克多巴胺、沙丁胺醇、马布特罗等新型替代品。2015年国抽通报数据显示（1～10月份国抽数据，下同），瘦肉精检出率占兽药残留总通报率的75%，其中莱克多巴胺占46%，沙丁胺醇占21%。
除了瘦肉精项目，硝基呋喃类氯霉素、磺胺类、四环素类等广谱抗菌药在家畜中养殖过程也存在超量或违禁使用问题。
相比畜肉产品，禽肉及其制品中近几年被曝光的项目更多，主要有广谱抗菌药磺胺类、氟喹诺酮类、四环素类、硝基呋喃代谢物、大环内酯类（如泰乐菌素），以及抗病毒药物金刚烷胺，和激素类药物喹乙醇及其代谢物、己烯雌酚等。
此外，2015年10月美国FDA发布通报，在进口中国的家禽类肉干宠物食品中检出抗生素磺胺氯吡嗪、磺胺甲基异噁唑、磺胺喹噁啉及抗病毒药物金刚烷胺。
二、掺假
从2013年欧洲的“马肉风波”至2014年我国宁波抽检21批牛肉7批掺假6批全假，再到2015年天津查获羊肉卷掺假案，肉类掺假层出不穷。在经济利益驱动下，很多不法商贩用价格低廉的鸡鸭肉、猪肉冒充牛羊肉销售，《食品安全法》明确指出禁止生产经营掺假掺杂食品，掺假实属违法行为。
三、微生物项目超标
菌落总数、大肠菌群超标是熟肉制品常见的不合格项目，国抽数据显示菌落总数是肉及肉制品的不合格项目，占比总不合格产品的30%，其次为大肠菌群，占比12%，涉及不合格样品主要有酱卤肉、肉干。
欧盟风险预警信息显示，畜禽肉及其制品检出沙门氏菌现象非常严重，2014年～2015年11月禽肉和畜肉及其制品中沙门氏菌通报率分别占各自总通报率的81%和62%。
四、添加剂超量使用及检出违法添加物
添加剂使用不符合要求是肉及肉制品第二大类不合格项目，国抽通报显示该类不合格占28%，不合格项目主要有山梨酸、亚硝酸盐、日落黄、柠檬黄、胭脂红和诱惑红，产品主要有鸡块、鸡翅、鸡爪类休闲肉制品和肉干、腊肠类产品。
2015年10月，研究机构（IARC）发布报告，将香肠、火腿等加工肉制品列为“致癌物”，专家分析主要是由生产过程中使用亚硝酸盐造成，因此合理控制亚硝酸盐使用量可能会成为今后关注的重点。
五、污染物超标
铅和苯并(α)芘是近几年肉制品常见的不合格污染物项目，熏烧烤肉尤其是路边摊的烤肉串，苯并(α)芘超标现象较为严重。此外，2012年10月卫生部（现卫计委）发布食品标准清理方案后，肉制品标准也开始陆续更新，污染物要求直接指向GB 2762《食品安全国家标准 食品中污染物限量》，该标准对“肉制品（肉类罐头除外）”中N-二甲基亚硝胺、铬、总砷都有限量要求，所以建议企业将这些项目纳入内控标准中。
六、其他
除了上述提到的问题，香肠类制品蛋白质含量达不到要求和淀粉含量超标，腌腊肉制品酸价和过氧化值偏高等都有过通报，因此建议企业加强生产过程控制，避免产生该类不合格问题。